In de nacht van de 21ste juli 1944 werd de stad Kortrijk door een dubbele bomaanval geteisterd. Er vielen talrijke slachtoffers en talrijke gebouwen werden vernield. Een dantesk tafereel bood de brand van de Grote Hallen, waarvan de houten roosteringen en het gebint, met de prachtige collectie meubelen van het Museum van Oudheden, dat in de hallen ondergebracht was, in de vlammen opgingen.
Daarentegen bleef de rijke verzameling Kortrijkse damast, in een brandkast geborgen, hoewel gedeeltelijk beschadigd toch voor een groot deel gespaard. Gelukkig had men veel andere voorwerpen uit het museum bij het begin van de oorlog in de kelders van de nabij gelegen stadsschouwburg in veiligheid gebracht. Ook dat gebouw werd getroffen, maar de kelders stortten niet in. Toch werd door het indringende water heel wat schade veroorzaakt.
Onmiddellijk na de oorlog ging de meeste aandacht naar de wederopbouw, huisvesting en het herstel van het maatschappelijke en economische leven, met het gevolg dat de museumverzameling enigszins verwaarloosd werd. Pas in 1955 werd met de inventarisatie van de bewaarde collecties begonnen. Het bleek een omvangrijker werk dan voorzien, daar meer dan 2000 hoofdzakelijk kleinere voorwerpen opgetekend werden en ook merkwaardige stukken, zoals de gulden spoor en een opvallend groot aantal keramiekborden gespaard bleken.