De collectie van het Jakob Smitsmuseum bestaat hoofdzakelijk uit schilderijen, tekeningen en etsen van Jakob Smits en van kunstenaars uit de Molse school. In oktober 1972 koopt de gemeente Mol vier tekeningen van Jakob Smits, waaronder De veroordeling van de stroper en Blijde thuiskomst. In 1973 wordt het eerste schilderijtje Hoeve te Achterbos en drie etsen aangekocht.
De jaren nadien groeit de collectie gestaag aan, onder andere ook door schenkingen. Op 19 februari 1977 opent het museum zijn deuren en kan de verzameling nu ook aan publiek getoond worden.
Op dit moment telt de collectie van het museum vijfenveertig schilderijen van Jakob Smits die deels in eigen bezit zijn en deels in langdurige bruikleen. Daarnaast bezit het museum ook een honderdtal tekeningen waarvan een groot deel in eigendom van het museum en een aantal in langdurige bruikleen. Het volledige etswerk van Jakob Smits is in bezit van museum.
Daarnaast bewaart het museum ook heel wat werken van kunstenaars die tot de Molse school behoorden of navolgers van Smits waren.
